先天性心脏病的致病原因一般有：
1、遗传因素：先天性心脏病并不是遗传性的疾病，但是可能由于基因异常或染色体畸变所致，5%的先天性心脏病患者发生于同一家族，患者病情相似。
2、胎儿生存环境因素：如果母体在怀孕的时候孕妇患有糖尿病而未经治疗和控制病情者，胎儿患有先天性心脏病的几率就会上升。同时孕妇如果在妊娠早期接触过一些致畸药物，如锂、苯妥英钠或类固醇等；受到放射性物质如X射线、同位素等过量照射；受到病毒感染等都会提升胎儿先心病的患病率。
3、其他因素：缺氧可能会导致先天性心脏病的发生，高原地区动脉导管未闭及房间隔缺损发病率较高。有些先天性心脏病还有性别倾向性。
